Второй этап ливерпудлианской карьеры Маурисио Пеллегрино начался в июле 2008 года, когда он был назначен тренером первой команды. В 2005 году Рафа подписал его в качестве игрока, а теперь Маурисио помогает Бенитесу за пределами игрового поля. Карьера Пеллегрино началась в Аргентине в «Велес Сарсфилде», выступая за который он побеждал в трёх чемпионатах Апертуры и двух – Клаусуры, а также в кубке Либертадорес. В 1998 году Маурисио был подписан европейским грандом – «Барселоной». За «блауграну» он сыграл 23 матча и серьёзно помог команде Луи ван Гала выиграть Ла-Лигу, после чего перешёл в «Валенсию», где составил мощный дуэт центр-беков со своим соотечественником Роберто Айалой.
Пеллегрино принял участие в двух проигранных «Валенсией» финалах Лиги чемпионов – против «Реала» и «Баварии». Несмотря на такое разочарование, он продолжал блистать под руководством Рафы Бенитеса в победном сезоне 2001/02, когда «Валенсия» впервые за 21 год победила в чемпионате Испании.