Аггер был назван самым многообещающим игроком Дании на протяжении двух лет подряд, в 2004-м и 2005-м. Даниэль присоединился к Брондбю из молодежной команды Росенхёй в 2004-м и дебютировал за свой новый клуб 25-ого июля 2004 года в матче чемпионата против ОБ Оденсе. Получил свой большой шанс ранее, чем ожидалось, потому что опытный защитник Брондбю Андреас Якобссон был продан Саутгемптону. Аггер был назван лучшим игроком Брондбю в трех играх подряд, вскоре после своего дебюта, он закрепился в первой команде в 19-летнем возрасте.
Аггер прогрессировал с тех пор, и это не стало сюрпризом, когда он достиг перехода в Ливерпуль после 49 игр в составе Брондбю.
